Amangkurat V berusaha mempertahankan Kartasura dengan gigih, tetapi ia juga harus menghadapi pemberontakan di dalam kota dari para penduduk asli yang tidak senang dengan kehadiran laskar Tionghoa12.
Pada akhirnya, Amangkurat V tidak mampu bertahan lebih lama dari tekanan VOC dan Pakubuwana II.
Ia terpaksa meninggalkan Kartasura pada bulan September 1743 dan melarikan diri ke arah timur bersama dengan para pengikutnya.
Ia sempat berpindah-pindah tempat untuk menghindari kejaran musuh. Ia pernah berada di Randulawang, Blora, Rembang, Tuban, Gresik, Surabaya, Pasuruan, Probolinggo, hingga Lumajang.
Di beberapa tempat tersebut, ia masih mendapat dukungan dari para pemberontak dan laskar Tionghoa yang setia padanya.
Namun, dukungan tersebut tidak cukup untuk mengimbangi kekuatan VOC yang semakin besar dan kuat.
VOC berhasil mengepung dan menaklukkan beberapa benteng pertahanan Amangkurat V.
Banyak dari para pengikutnya yang tertangkap, terbunuh, atau menyerah kepada VOC.
Akhirnya, pada tahun 1746, Amangkurat V ditangkap oleh VOC di Lumajang bersama dengan Amangkurat IV yang juga ikut melarikan diri dari Kartasura12.
Keduanya kemudian dibawa ke Batavia dan diadili oleh VOC. Mereka dinyatakan bersalah karena memberontak terhadap VOC dan Pakubuwana II.
VOC kemudian memutuskan untuk membuang Amangkurat V dan Amangkurat IV ke Sailan (Sri Lanka) sebagai tahanan politik.
Di sana, mereka hidup dalam pengawasan ketat VOC hingga akhir hayat mereka. Tidak diketahui secara pasti kapan mereka meninggal dunia.
Dengan penangkapan Amangkurat V, pemberontakan Jawa-Tionghoa pun berakhir. VOC berhasil menguasai kembali Mataram dan mengembalikan Pakubuwana II sebagai Raja Mataram.