Lokasinya berada di Alas Mentaok, sekarang bernama Yogyakarta, persisnya di kawasan Kotagede.
Keraton ini berfungsi sebagai pusat pemerintahan dan pertahanan Kerajaan Mataram Islam.
Di sini juga terdapat makam Panembahan Senopati dan beberapa raja lainnya.
Keraton Kerto atau Karta
Keraton ini adalah keraton kedua yang dibangun oleh Sultan Agung Hanyakrakusuma pada tahun 1614.
Lokasinya berada di kawasan Kerto, sekarang masuk wilayah Pleret, Bantul.
Keraton ini merupakan pusat kebudayaan dan keagamaan Kerajaan Mataram Islam.
Di sekitar sini terdapat makam Sultan Agung dan beberapa raja lainnya.
Keraton Pleret
Keraton ini adalah keraton ketiga yang dibangun oleh Amangkurat I pada tahun 1646.
Lokasinya berada di kawasan Pleret, Bantul, Yogyakarta, tak jauh dari Keraton Karta.
Keraton ini merupakan pusat administrasi dan militer Kerajaan Mataram Islam.