Tapi apa mau dikata, tentara Mataram kocar-kacir menghadapi persenjataan VOC yang lebih modern.
Sultan Agung geram, dua panglimanya, Tumenggung Bahureksa dan Pangeran Mandureja dipenggal kepalanya.
Pada penyerbuan pertama ini, VOC disebut menemukan 744 mayat prajurit Mataram tewas tanpa kepala.
Gagal pada serangan pertama, Sultan Agung ternyata tidak kapok.
Raja keempat Mataram itu kembali mengirim pasukannya ke Batavia.
Pada Mei 1929, Sultan mengirim pasukan Mataram I di bawah pimpinan Adipati Ukur.
Sebulan kemudian, datang pasukan Mataram II pimpinan Adipati Juminah.
Total, ada 14 ribu pasukan Mataram yang dikirim untuk menjinakkan VOC.
Tak mau kegagalan pada serangan pertama berulang, Sultan Agung membuat perencanaan yang lebih matang.
Salah satunya, dia membangun lumbung-lumbung beras di sekitar Karawang dan Cirebon.
Tapi lagi-lagi, lumbung-lumbung itu justru menjadi sasaran tembak VOC, Sultan Agung pun gagal lagi.
Siasat lain, Sultan Agung membendung dan mengotori Sungai Ciliwung yang menjadi sumber air utama VOC dengan kotoran manusia.
Batavia pun diserang wabah kolera, banyak pasukan VOC yang tewas, termasuk Jenderal J. P. Coen, Gubernur Jenderal VOC.
Sebenarnya ada dua versi kematian Coen.
Versi Belanda, Coen meninggal karena kolera yang kini lebih dikenal dengan muntah darah.
Sementara versi lainnya meyakini bahwa kematian Coen akibat serangan bala tentara Sultan Agung dari Mataram.
Dari kedua versi ini kemudian diyakini bahwa Coen meninggal karena terjangkit wabah kolera yang sengaja disebarkan oleh pasukan Mataram di Sungai Ciliwung setelah peristiwa Serangan Besar di Batavia tahun 1628.