Ia juga tidak mau mengikuti syariat Islam yang mengatur tentang halal dan haram, shalat dan puasa, serta hubungan suami istri.
Bahkan, dikisahkan bahwa dirinya lebih memilih untuk tetap memeluk kepercayaan lama yang bersifat animistik dan sinkretis.
Ketiga, Nyai Roro Kidul tidak setuju dengan rencana Panembahan Senopati untuk memindahkan ibu kota Mataram dari Kotagede ke Karta.
Ia merasa bahwa Kotagede adalah tempat yang paling cocok untuk menjadi pusat kerajaan, karena dekat dengan laut selatan dan mudah dijangkau olehnya.
Ia juga khawatir bahwa dengan pindah ke Karta, Panembahan Senopati akan semakin menjauh dari pengaruhnya dan lebih dekat dengan para wali yang pro-Islam.
Meskipun demikian, Panembahan Senopati tetap bersikeras untuk mewujudkan cita-citanya sesuai dengan petunjuk para wali.
Ia juga tetap mencintai Nyai Roro Kidul sebagai selirnya, meskipun ia tidak bisa sepenuhnya memenuhi keinginan dan tuntutannya.
Ia berusaha untuk menjaga keseimbangan antara dunia nyata dan dunia gaib, antara agama dan adat, antara politik dan asmara.