3. Versi ketiga menyebutkan bahwa Jaka Tingkir meninggal karena penyakit alami yang dideritanya sejak lama.
Ia menderita penyakit asma yang semakin parah akibat usia lanjut dan kelelahan akibat perang. Versi ini didukung oleh beberapa sumber sejarah seperti Babad Nitik dan Serat Damar Wulan.
Dari ketiga versi tersebut, tidak ada yang bisa dipastikan kebenarannya secara ilmiah. Mungkin saja ada campur tangan politik atau kepentingan tertentu di balik masing-masing versi.
Yang jelas, kematian Jaka Tingkir menandai berakhirnya era Kerajaan Pajang dan awal dari era Kerajaan Mataram yang kemudian menjadi salah satu kerajaan terbesar di Nusantara.