Rajapaksa selama ini menikmati kekebalan dari penangkapan sebagai presiden.
Dia diyakini sekarang ingin pergi ke luar negeri sebelum mengundurkan diri.
Hal itu dilakukannya untuk menghindari kemungkinan ditahan.
Namun, dia telah gagal pergi menggunakan pesawat.
Rajapaksa dan istrinya telah menghabiskan malam di pangkalan militer di sebelah bandara utama Bandaranaike International setelah ketinggalan empat penerbangan yang bisa membawa mereka ke Uni Emirat Arab.
Sementara adik bungsu Rajapaksa, Basil, yang mengundurkan diri pada April sebagai menteri keuangan, ketinggalan penerbangan Emiratesnya sendiri ke Dubai Selasa pagi waktu setempat, setelah kebuntuan serupa dengan staf bandara.
Basil - yang memegang kewarganegaraan AS selain kewarganegaraan Sri Lanka - mencoba menggunakan layanan pramutamu berbayar untuk pelancong bisnis.
Namun, staf bandara dan imigrasi mengatakan mereka menarik diri dari layanan jalur cepat tersebut dengan segera.
"Ada beberapa penumpang lain yang memprotes Basil yang naik ke pesawat mereka," kata seorang pejabat bandara kepada AFP.
"Itu adalah situasi yang menegangkan, jadi dia buru-buru meninggalkan bandara," tambah saksi itu.