Karena sudah berusia awal empat puluhan, dan banyak sejarawan percaya bahwa dia telah berselingkuh dengan keponakan Permaisuri Wu, Wu Sansi.
Shangguan Wan’er juga menjadi orang kepercayaan bagi Permaisuri Wei, dan diduga bahwa permaisuri membantu perselingkuhan Shangguan Wan’er dengan Wu Sansi.
Pertengahan tahun 707 M, Pangeran Jiming melancarkan kudeta istana, yang membunuh sekitar dua puluh anggota klan Wu, termasuk Wu Sansi.
Pangeran Jiming meminta Kaisar Zhongzong untuk menyerahkan Shangguan Wan’er.
Dia berkata kepada Kaisar Zhongzong, “Sekarang merek aingin membunuhku, maka giliranmu untuk mati.”
Kaisar, terkesan dengan kata-katanya, lalu memberinya perlindungan.
Kemudian Pangeran Jiming dikalahkan, gelar kerajaannya dilucuti, dan dieksekusi.
Shangguan Wan’er memiliki kekuatan yang cukup besar selamamasa pemerintahan Kaisar Zhongzong, dia menyusun dekrit dan dokumen resmi.
Shangguan Wan’er juga menjabat sebagai penulis bayangan untuk keluarga kekaisaran dengan menulis puisi atas nama mereka, melansir History of Royal Women.
Shangguan Wan’er mendesak Kaisar Zhongzong untuk membuat lebih banyak posisi di Institut Pemuliaan Sastra, dia juga seorang penguji dalam ujian pegawai negeri dan juri kontes puisi kekaisaran.
Kematian Kaisar Zhongzong pada tahun 710 memicu dua kudeta.
Permaisuri Wei mengangkat putra suaminya menjadi kaisar dan mengangkat dirinya sendiri sebagai wali, namun kekuatan Permaisuri Wei tidak bertahan lama.