Fakta itu membuat Timur melarikan diri dan bergabung dengan Amir Husayn yang merupakan cucu Qazaghan sekaligus kakak iparnya.
Keduanya mengalahkan Ilyas Khoja pada 1364 dan memantapkan penaklukan atas Transoxiana sekitar dua tahun kemudian.
Hubungan keduanya menjadi renggang setelah Husayn tak melaksanakan perintah Timur untuk menghancurkan Ilyas Khoja di Tishnet.
Pada 1370, Timur berbalik memerangi Husayn dengan mengepungnya di Balkh berbekal orang-orang Husayn yang memilih mendukungnya.
Setelah Husayn dibunuh, Timur menikahi istri Husayn Saray Mulk Khanum, keturunan penakluk legendaris Gengis Khan, dan menjadikannya pemimpin Suku Chagatai.
Timur tak bisa menggamit gelar Khan atau penguasa Mongol karena bukan keturunan langsung Gengis Khan.
Jadi, dia menggunakan titel Amir yang berarti Jenderal serta Guregen (Menantu Kerajaan) karena menikah dengan Saray Mulk.
Dia juga tidak bisa mendapatkan gelar Kalifah karena predikat itu terbatas bagi kelompok Quraysh, suku dari Nabi Muhammad.
Jadi, dia menciptakan mitos serta rumor bahwa dirinya mempunyai "kekuatan supernatural" yang dianugerahkan langsung dari Tuhan.
Pada 1382, dia menghancurkan pasukan Muscovite dan membakar Moskwa.