Hatshepsut juga mulai mengatur bangunan saat ini, seperti yang ada di Karnak.
Sayangnya, keberadaan Hatshepsut sebagai ratu tidak banyak diketahui sampai abad ke-19.
Dilaporkan bahwa Thutmose III menghancurkan hampir semua bukti yang menghubungkannya sebagai seorang ratu.
Maka ini menciptakan celah temporal dalam sejarah Mesir kuno yang diterjemahkan oleh Arkeolog yang mampu membaca hieroglif di salah satu dinding di Mesir sekitar tahun 1822.
Ada tingkat kebingungan apakah dia memiliki kekasih rahasia selama masa pemerintahannya.
Dan pertanyaan yang belum terjawab adalah siapakah kekasih rahasia Hatshepsut itu.
Rupanya, sepeninggal Thutmose II tidak pernah tercatat bahwa Hatshepsut pernah menikah lagi.
Namun, ada indikasi bahwa salah satu menterinya, kepala pelayannya bekerja sangat dekat dengannya.
Bahkan, penasihat terdekatnya juga mengawasi berbagai proyek atas nama Hatshepsut dan bertindak dalam hubungan yang sangat dekat dengannya.
Namanya Senenmut, yang memulai pengabdiannya darinol sebagai rakyat jelata, tidak berlatar belakang politik atau kerajaan.