Di bawah kepemimpinan Sultan Agung ini, Mataram berkembang cukup pesat dan menjadi kerajaan besar di Nusantara.
Sebagai penguasa, Sultan Agung berusaha mengembangkan agama Islam di pulau Jawa.
Pengetahuan agama sebagai latar belakang pendidikan yang diterimanya adalah didapat dari beberapa wali.
Yang sangat berperan dan berpengaruh terhadap Sultan Agung, adalah Sunan Kalijaga.
Sunan Kalijaga dijadikan guru dan dianggap sebagai penasihat atau pembimbing Sultan Agung di bidang agama, dari beliau pula Sultan mendapatkan ajaran tentang agama.
Seperti raja Mataram lainnya, Sultan Agung juga memiliki dua garwa padmi (permaisuri) utama, yaitu:
1. Ratu Mas Tinumpak, putri Panembahan Ratu, Sultan Cirebon, yang melahirkan Raden Mas Syahwawrat alias Pangeran Alit. Ratu Mas Tinumpak kemudian mendapatkan gelar Kanjeng Ratu Kulon sebagai permaisuri yang dituakan dan memiliki kedudukan lebih tinggi dari permaisuri yang lain
2. Ratu Ayu Batang, merupakan putri Pangeran Upasanta dari Batang (cucu Ki Juru Martani), yang melahirkan Raden Mas Sayyidin alias Amangkurat I. Ratu Ayu Batang kemudian mendapatkan gelar Kanjeng Ratu Wetan sebagai permaisuri muda.