Di depan umum, AS mempertahankan hubungan diplomatik yang normal dengan pemerintah Soekarno di Jakarta.
Sementara itu, Administrasi Eisenhower diam-diam campur tangan dalam tindakan militer terhadapnya.
Menteri Luar Negeri John Foster Dulles mengatakan pada satu pertemuan penting bahwa Soekarno, "berbahaya, tidak dapat dipercaya, dan rentan terhadap cara berpikir komunis."
Maka, pada awal tahun 1958, AS mulai secara diam-diam memasok dan mendukung kelompok-kelompok militer pembangkang di pulau-pulau terluar Indonesia, Sumatra, dan Sulawesi.
“Ada banyak bukti bahwa AS mendorong dan mendukung pemberontakan, sampai jelas bahwa pemberontakan itu gagal,” ujar sejarawan Departemen Luar Negeri.
Sejarawan mengatakan bahwa fakta bahwa CIA melakukan operasi rahasia di Indonesia sudah diketahui.
Indonesia mulai mengeluh tentang kegiatan CIA setelah menembak jatuh dan menangkap seorang pilot Amerika, Allen Pope, yang membom sasaran militer untuk mendukung pemberontak.
Howard P Jones, duta besar Amerika untuk Indonesia, kemudian menulis sebuah buku di mana dia mengakui, dan mengkritik, operasi intelijen rahasia itu.