Pemberontakan ini pun menewaskan Gubernur Jawa Timur RM Suryo, serta beberapa tokoh lainnya.
Akhir
Demi memulihkan kembali keamanan di Madiun, dilakukan operasi penumpasan pada tanggal 20 September 1948 dipimpin oleh Kolonel A.H. Nasution.
Salah satu operasi penumpasan yang dilkaukan adalah pengejaran Musso yang melarikan diri ke Sumoroto, sebelah barat Ponorogo.
Dalam pengejaran tersebut, Musso berhasil ditemukan dan ditembak mati.
Sedangkan Amir Syarifuddin dan para tokoh sayap kiri lainnya ditangkap dan dijatuhi hukuman mati.
Amir sendiri tertangkap di daerah Grobogan, Jawa Tengah.
(*)