Ada beberapa teori tentang apa yang mungkin terjadi.
Nefertiti mungkin telah meninggal pada saat itu; dia mungkin telah dibunuh dan digantikan sebagai Istri Hebat oleh orang lain, mungkin salah satu putrinya sendiri.
Satu teori yang berkembang adalah bahwa dia mungkin tidak menghilang sama sekali, melainkan mengubah namanya dan menjadi rekan raja Akhenaten, Ankhkheperure mery-Waenre Neferneferuaten Akhetenhys.
Pada tahun ke-13 pemerintahan Akhenaten, Nefertiti kehilangan dua putri karena wabah dan satu lagi karena melahirkan.
Sementara itu, Akhenaten meninggal pada tahun 1334 selama tahun ke-17 pemerintahannya.