Beberapa bukti menunjukkan bahwa dia mungkin adalah putri Ay, wazir Firaun Amenhotep III, yang merupakan saudara dari Ratu Tiy dan yang menjadi firaun setelah Tutankhamen.
Nefertiti dibesarkan di istana kerajaan di Thebes.
Tampaknya pasti bahwa dia dibesarkan dalam kultus dewa matahari Aten.
Siapa pun dia, Nefertiti akan menikah dengan putra Firaun, yang akan menjadi Amenhotep IV pada saat Nefertiti berusia sekitar 11 tahun.
Nefertiti menjadi istri kepala (ratu) Firaun Mesir Amenhotep IV (memerintah 1350–1334), yang mengambil nama Akhenaten ketika ia memimpin sebuah revolusi agama yang menempatkan dewa matahari Aten sebagai pusat pemujaan agama.
Selama lima tahun pertama pemerintahan Akhenaten, Nefertiti digambarkan dalam gambar pahatan sebagai ratu yang sangat aktif, dengan peran sentral dalam upacara pemujaan.
Setelah 12 tahun memerintah sebagai istri tercinta firaun, Nefertiti seolah menghilang dari catatan sejarah.