Dia kemudian menjadi tokoh terkemuka di Reich, terutama karena keahliannya dalam mengorganisir transportasi dan logistik yang dibutuhkan untuk deportasi massal orang-orang Yahudi.
Eichmann, bersama dengan stafnya, merencanakan bagaimana menjalankan ghetto; pendudukannya sebelum perang mengenai deportasi terutama terkonsentrasi pada menggambar rencana untuk reservasi Yahudi di masa depan.
Ini karena orang-orang Yahudi akan dibuang, pertama ke Nisko di Polandia tenggara dan akhirnya ke pulau Madagaskar di Samudra Hindia.
Namun, tak satu pun dari rencana itu dilaksanakan setelah terbukti bahwa upaya perang tidak berjalan sesuai rencana.
Pada Januari 1942, Front Timur runtuh, dan jelas bahwa Nazi tidak akan menahan Soviet lebih lama lagi.
Sementara itu, Eropa Timur menampung sebagian besar orang Yahudi yang terlantar, dan muncul pertanyaan, apakah sudah waktunya untuk mengintensifkan pemusnahan sebelum wilayah-wilayah ini jatuh ke dalam genggaman Uni Soviet?
Pada kesempatan itu, sebuah konferensi diadakan di Wannsee, pada tanggal 20 Januari 1942.
Konferensi ini dipimpin oleh Reinhard Heydrich, Kepala Kantor Keamanan Utama Reich.
Alasan utama konferensi itu diadakan adalah bahwa Hitler, setelah AS memasuki perang, memutuskan untuk melakukan Solusi Akhir selama konflik yang sedang berlangsung dan tidak setelahnya, seperti yang telah direncanakan (setelah kemenangan Jerman, yang tidak akan terjadi pada tahun 1942) .