Portugis benar-benar mengubah wajah Islam di Timor Leste, dan kekuatan kolonialis mematikan budaya dan pengikut Islam.
Kemudian Portugis gencar melakukan Kristenisasi di daerah-daerah yang belum terjamah oleh Islam.
Kini jumlah Muslim yang tinggal di Timor Leste hanya ada 5000 jiwa, atau 3% dari total penduduk Timor Leste.
Rupanya hal ini karena banyak penduduk Muslim yang tinggal di Dili berasal dari Pulau Jawa yang ikut program transmigrasi pemerintah.
Kemudian ketika terjadi referendum, warga balik ke tempat asal.
Muslim Timor Leste makin terkikis karena seperti dikutip dari Etan.org, saat puncak kekacauan Timor Leste dan para milisi mengamuk, kaum Muslim berlindung di sebuah masjid di Dili.
Mereka terus hidup di sana sampai saat ini, takut dengan orang-orang yang mencurigai mereka sebagai pendukung Indonesia.
Tahun 2001 lalu, terjadi serangan ke masjid di Dili tersebut yang dikutip oleh reliefweb.int, menyebabkan pejabat senior dari Administrasi Transisi PBB di Timor Leste (UNTAET) mengutuk serangan tersbeut.