Balon-balon pembakar yang diyakini telah menyebabkan ledakan itu datang sebagai tanggapan atas pawai "provokatif" oleh nasionalis sayap kanan Israel.
Diketahui "Pawai Bendera" menandai peringatan pendudukan Israel tahun 1967 atas Yerusalem Timur.
Ratusan warga Palestina memprotes di Jalur Gaza menentang pawai yang menyebabkan setidaknya 17 penangkapan di luar Gerbang Damaskus Kota Tua.
Sementara 33 lainnya terluka setelah polisi Israel menembakkan granat kejut ke daerah sekitarnya.