Hamas sebelumnya mengancam akan mengambil tindakan dalam menanggapi pawai nasionalis Israel di Yerusalem Timur pada hari Selasa kemarin.
Sementara Perdana Menteri Baru Israel, Naftali Bennett balik mengancam.
Dia mengatakan pemerintah Israel tidak akan mentolerir balon pembakar dan harus membalas seolah-olah Hamas telah menembakkan roket ke Israel.
Dalam sebuah pernyataan, tentara Israel mengatakan telah menyerang kompleks Hamas.
Tentara mengatakan siap untuk semua skenario, termasuk pertempuran baru dalam menghadapi aksi teroris lanjutan yang berasal dari Gaza.
Tidak segera jelas apakah ada korban akibat serangan tersebut.
Akan tetapi serangan terbaru menandai insiden besar pertama sejak perjanjian gencatan senjata disepakati oleh kedua belah pihak pada 21 Mei.
Diketahui konflik besar-besaran pada bulan Mei kemarin hanya berlangsung 11 hari, tetapi merenggut nyawa 256 warga Palestina dan 12 warga Israel.
Serangan udara itu juga merupakan serangan pertama di Gaza sejak Naftali Bennett mengambil alih pemerintah Israel pada akhir pekan lalu.
Seorang juru bicara Hamas mengkonfirmasi serangan Israel di kota Gaza dan mengatakan warga Palestina akan terus melakukan perlawanan berani mereka dan mempertahankan hak dan tempat suci mereka.
Baca Juga: Nikko Jenkins, Pembunuh Bayaran yang Memotong Lidah dan Organ Vitalnya Agar Mirip Dewa Ular