Menurutnya, bendera itu hanyalah bendera kultural.
"Kalau kita anggap bendera politik, salah kita sendiri," ujar Gus Dur.
Upaya yang dilakukan Gus Dur semata-mata hanya untuk menyelesaikan konflik yang terjadi di Papua dengan membuatnya merasa nyaman, meski upayanya dianggap kontroversial.
Koordinator Jaringan Gusdurian Indonesia Alissa Wahid tahun 2019 mengatakan, Gus Dur menggunakan jalan berbeda dalam menyelesaikan masalah Papua.
Alissa menjelaskan Gus Dur ingin warga Papua merasa nyaman dalam mengekspresikan identitas kebudayaan mereka, dengan demikian akan merasa nyaman juga sebagai warga Indonesia.