Menyandang status sebagai orang nomor 1 di Indonesia, uniknya Gus Dur tidak menggunakan penjagaan ketat saat bertemu tokoh-tokoh Papua.
"Pada 30 Desember 1999 dimulai jam 8 malam dialog dengan berbagai elemen dilakukan di gedung pertemuan gubernur Jayapua, meski dengan cara perwakilan banyak yang datang karena penjagaan yang longgar," tulis NU Online berjudul Alasan Gus Dur Ubah Nama Irian Jaya menjadi Papua.
Lalu, Gus Dur juga mempersilahkan siapapun yang hadir untuk memberikan pendapat.
Semua pendapat, ada yang mendukung kemerdekaan Papua, hingga memuji pemerintahan didengarkan Gus Dur.
Setelah mendengar aspirasi dari berbagai kalangan, Gus Dur lantas memutuskan mengganti nama Irian Jaya menjadi Papua.
Alasannya, adalah nama Irian memiliki makna yang jelek, sebab dalam bahasa Arab Irian artinya telanjang.