STOVIA adalah sekolah khusus pendidikan dokter pribumi di Batavia pada masa penjajahan Belanda.
Gagasan Soetomo mendirikan organisasi ini terinspirasi dari dokter Wahidin Sudirohusodo, yang ingin meningkatkan martabat rakyat dan bangsa.
Latar belakang berdirinya Boedi Oetomo bertopang pada kesadaran para mahasiswa akan masa depan Indonesia yang bergantung di tangan mereka.
Organisasi ini pada awalnya hanya bersifat sosial, ekonomi, dan budaya. Tidak ada unsur politik di dalamnya.
Boedi Oetomo bertujuan untuk memajukan pengajaran, pertanian, peternakan, perdagangan, teknik dan industri, ilmu pengetahuan dan seni budaya bangsa Indonesia.
Nama Boedi Oetomo sendiri terbentuk atas usulan seorang anggota bernama Soeradji.
Kongres pertama Boedi Oetomo diselenggarakan pada Mei 1908.
Pada awal berdirinya, organisasi ini hanya menerima anggota dari kalangan priyayi.