Hal itu segera memicu konflik bersenjata atau perang saudara antara UDT dan Fretilin, dan menimbulkan gelombang pengungsian rakyat Timor Portugis ke wilayah Indonesia.
Fretilin memiliki keunggulan persenjataan, sehingga UDT akhirnya kewalahan melawan mereka.
Kemudian puncaknya adalah pertempuran Motaain, fase kontak senjata terhebat antara UDT dan Fretilin yang terjadi di daerah perbatasan.
Saat konflik bersenjata tersebut, terjadi perpecahan militer, Gubernur Lemos Pires yang saat itu menjabat melarikan diri ke Pulau Atauro.
Kemudian pimpinan militer dan anggota lain yang bagian dari tentara kolonial Portugal juga melarikan diri ke Portugal lewat Dili.
Tentara berdarah pribumi Timor memilih bergabung dengan kelompok politik yang ada, mayoritas memilih Fretilin.
Kekuatan Fretilin semakin besar, Kiki menceritakan berbagai operasi khusus dikirimkan oleh Indonesia untuk menanggulanginya.
Operasi Kikis adalah salah satunya.