Agus didepak dari RPKAD (Resimen Para Komando Angkatan Darat) lantaran kondisi fisiknya.
Agus kehilangan satu kakinya saat memimpin Operasi Benteng I. Saat itu, kakinya tertembak tentara Belanda.
Anak buahnya berusaha membopong dan menyelamatkan komandannya. Namun, di situasi kala itu, Agus memilih jalannya sendiri.
Dia tetap berada di medan pertempuran, hingga akhirnya tertangkap dan ditawan tentara Belanda.
Pasukan Belanda memperlakukan Agus sesuai konvesi Jeneva.
Agus dirawat hingga sembuh, tapi kakinya terpaksa diamputasi, mengingat luka tembaknya sudah membusuk.
Agus masih hidup dan Irian Barat akhirnya jatuh ke tangan Indonesia.
Kabar buruk tiba
Kabar buruk kemudian menghampiri.
Pada akhir 1964, diadakan sebuah pertemuan perwira RPKAD membahas penghapusan tentara cacat dari RPKAD. Agus termasuk di dalamnya.
Keputusan itu sempat diprotes atasan Agus, Benny Moerdani.
Alih-alih mendapat persetujuan, Benny justru dimutasi ke Kostrad karena dianggap membangkang. Sedangkan Agus tetap dikeluarkan dari RPKAD.