Pasukannya terlibat kontak senjata hebat melawan Belanda.
Dalam kondisi terluka parah pada bagian punggung dan kaki kiri, Agus menjadi tawanan Belanda di Sorong, Papua.
Agus mendapat penyiksaan, namun tidak secuil informasi bocor dari mulutnya. Prajurit Kopassus ini tetap bertahan dalam kondisi fisik parah.
Tetap menyimpan informasi terkait operasi besar-besaran yang dipimpin Benny Moerdani.
Kakinya membusuk
Karena tak mendapat pengobatan memadai, kaki kirinya membusuk dan mengeluarkan belatung.
Kaki kirinya diamputasi menggunakan peralatan medis seadanya.
Kisah Agus Hernoto itu dituliskan di buku Legenda Pasukan Komando: Dari Kopassus sampai Operasi Khusus, Penerbit Buku Kompas.
Dari masa Orde Lama hingga Orde Baru, anggota Kopassus ( Komando Pasukan Khusus) ini mengabdi.
Daya juang Agus Hernoto sangat tinggi, meski kehilangan kakinya saat memimpin Operasi Benteng I pembebasan Irian Barat.
Agus merupakan anggota pasukan Kopassus yang berkaki satu yang istimewa
Dia dikenal begitu menjiwai motto Kopassus "berani-benar-berhasil", bahkan setelah dia tidak bergabung lagi dengan Kopassus.