Segera setelah referendum dilakukan, justru kekacauan kembali terjadi di Timor Leste yang bernama resmi Republik Demokratik Timor Leste.
Mengutip Fotokita, setelah lebih dari 78% orang Timor memilih kemerdekaan dalam referendum yang hasilnya diumumkan pada 4 September 1999, milisi paramiliter pro-Indonesia yang marah menanggapinya dengan kekerasan.
Secara sistematis, mereka meruntuhkan kota, membakar bangunan, dan menyerang serta membunuh orang.
Sekitar 1500 warga Timor diperkirakan tewas dalam kekerasan itu, puluhan ribu meninggalkan rumah mereka ke gunung-gunung, dan pasukan Indonesia memaksa lebih dari 300.000 orang melewati perbatasan darat ke Timor Barat.
Kemarahan internasional memaksa pendirian INTERFET (International Force for East Timor atau Pasukan Internasional untuk Timor Timur.)
Itu dibentuk atas restu PBB dan dipimpin oleh Australia, pemain kunci dalam keputusan untuk campur tangan.
Kekacauan usai referendum Timor Timur berakhir usai kedatangan pasukan penjaga perdaiaman PBB.
Tidak ada pertanyaan bahwa INTERFET bekerja dengan baik, tetapi disebut keputusan Australia untuk pergi ke Timor Leste tidak hanya berprinsip ingin mengamankan kedaulatan negara tetangganya yang masih baru.