Dikisahkan Perdana Menteri Israel kala itu, Yitzhak Rabin, pernah mengunjungi Indonesia tahun 1993.
Lalu tahun berikutnya, Gus Dur diundang oleh Shinom Peres ke Yerussalem untuk menyaksikan perjanjian damai antara Israel dengan Yordania.
Kunjungan ini berlanjut, bahkan secara tidak resmi Indonesia membangun hubungan diplomatik dengan Israel.
Indonesia dan Israel juga melakukan pertukaran perdagangan terutara pada produk berteknologi tinggi yang dikirim ke Indonesia.
Tak hanya sampai disitu, beberapa perusahaan dalam negeri juga menjalin ikatan dengan perusahaan milik Israel.
Seperti misalnya, tahun 2000 perusahaan Asuransi Jasindo, menandatangani perjanjian dengan Assure Limited Israel, yang menawarkan asuransi kredit ekspor bagi ekportir dan importir kedua negara.