Keinginan yang berbeda itu menimbulkan perpecahan dan terjadi perang saudara.
Konflik tersebut menimbulkan banyak korban, termasuk dari rakyat sipil.
Kemudian, UDT dan APODETI meminta bantuan Indonesia untuk merendam situasi ini.
Indonesia akhirnya mengirimkan pasukannya ke Timor Leste.
Upayakan damai
Kedatangan pasukan Indonesia ke Timor Leste justru semakin memperkeruh konflik.
Korban-korban dari kedua pihak berjatuhan. Upaya meredakan konflik terus dilakukan Pemerintah Indonesia.
Indonesia membawa masalah ini ke Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB).
Sebelumnya Indonesia melakukan perundingan dengan Portugis.
Bahkan kedua negara membuat perjanjian referendum di Timor Leste pada 5 Mei 1999.
Perjanjian kedua negara tersebut dikenal sebagai New York Agreement.
PBB ikut mengawal dalam masalah ini dan membentuk United Nations Mission in East Timor (UNAMET) pada 11 Juni 1999.