Atomic Energy Organisation Iran awalnya melaporkan "insiden" yang telah terjadi awal Kamis di Natanz.
Natanz terletak di gurun wilayah provinsi Isfahan.
Selanjutnya badan itu mempublikasikan foto bangunan bata satu tingkat dengan atap dan dindingnya sebagian terbakar.
Pintu yang hampir terlepas dari engselnya diperkirakan terjadi karena telah ada ledakan di dalam gedung tersebut.
"Merespon serangan siber adalah bagian dari pertahanan negeri kami. Jika terbukti negara kami ditarget oleh serangan siber, kami akan merespon," demikian pernyataan pimpinan pertahanan sipil Gholamreza Jalali kepada TV pemerintah pada Kamis.
Sebuah artikel diterbitkan Kamis lalu oleh agensi berita negara IRNA sebutkan apa yang mereka anggap kemungkinan sabotasi oleh musuh.
Musuh yang dimaksud adalah Israel dan Amerika Serikat, meski kemudian tuduhan dari media tersebut dihentikan secara langsung.
"Sejauh ini Iran telah mencoba untuk mencegah meningkatnya krisis dan pembentukan kondisi dan situasi yang tidak bisa diprediksi," tulis IRNA.