Tahun 2000, Halutz memangku jabatan Kepala Staf IAF dengan tugas utama menumpas pimpinan Hizbullah di Lebanon lewat serangan udara.
Tugas menumpas pimpinan Hizbullah itu dilaksanakan Halutz pada tahun 2002.
Pesawat-pesawat pembom IAF yang menyerbu Lebanon berhasil menghajar bunker pimpinan Hizbullah Salah Sahade, dan berhasil menewaskan pejuang militan itu.
Meski begitu, aksi pengeboman tersebut mendapat kecaman internasional lantaran mengakibatkan kematian 14 warga sipil.
Bagi Israel, apa yang telah dilakukan IAF untuk membunuh sejumlah pimpinan pejuang Hizbullah ternyata dianggap berhasil.
Halutz pun naik pangkat menjadi letnan jenderal serta menjabat sebagai Kepala Staf IDF mulai Februari 2005.