Sampai tanggal 31 Desember bendera Belanda diturunkan dan diganti bendera Indonesia.
Akhirnya, pada 1 Mei 1963 bendera PBB diturunkan, dan tinggallah Sang Merah Putih berkibar sendirian di segenap penjuru Irian Barat.
Provinsi Irian Barat Bentuk Baru
Di balik jalan berliku di kancah diplomasi, militer dilanda kegusaran. Ketidaksabaran menanti hasil diplomasi, yang barangkali hasilnya pun belum tentu memuaskan, diwujudkan dengan mobilisasi kekuatan militer.
Sesungguhnya pe merintah telah mengakhiri politik damai pada tahun 1957 dan meng gantinya dengan politik konfrontasi.
Presiden, Panglima Tertinggi Angkatan Perang Republik Indonesia, menganggap alotnya perundingan karena Belanda masih ingin melanjutkan kolonialisme di Irian Barat.
Maka Bung Karno memerintahkan Angkatan Perang RI untuk melaksanakan Tri Komando Rakyat:
- Gagalkan pembentukan Negara Boneka Papua buatan Belanda Kolonial.
- Kibarkanlah Sang Merah Putih di Irian Barat Tanah Air Indonesia.
- Bersiaplah untuk mobilisasi umum mempertahankan kemerdekaan dan kesatuan Tanah Air dan Bangsa.
Sebagai tindak lanjut, pada 1 Januari 1962, melalui Penetapan Presiden RI Nomor 1 tahun 1962, presiden membentuk Provinsi Irian Barat Bentuk Baru.
Presiden menunjuk E.J. Bonay sebagai gubernur dan Kolonel Laut R. Pamoedji sebagai wakil gubernur.
Ini kemudian diikuti Keputusan Presiden /Panglima Tertinggi Angkatan Perang RI/Panglima Besar Komando Tertinggi (KOTI) Pembebasan Irian Barat no. 01/Kpts/1962 tanggal 2 Januari 1962, yang membentuk Komando Mandala.