Tapi perundingan gagal karena kedua delegasi memiliki dasar pijak yang berbeda. Presiden Kennedy menelepon Presiden Sukarno agar memulai perundingan lagi.
Kennedy menghendaki, kedaulatan West Papua harus diserahkan dulu ke Pemerintah Indonesia sebelum rakyatnya menentukan nasib sendiri.
Sementara itu di lapangan, aksi pembebasan sudah mulai. Kontak senjata terjadi. Tanggal 17 Mei Belanda mengklaim menembak jatuh pesawat Indonesia, dan esok harinya Dubes RI di PBB Sukardjo Wirjopranoto menegaskan penerjunan pasukan payung Indonesia menandai dimulainya “aksi pembebasan” Irian Barat.
Baca juga: Pesawat yang Pernah Intai Indonesia dan Picu Penyerahan Irian Barat ke Indonesia Itu Siap Pensiun
Maka tanggal 13 Juli perundingan Middleburg dimulai lagi. Delegasi Indonesia hampir walk out karena menolak syarat penyerahan kepada PBB dalam masa transisi selama 1 tahun sementara RI menghendaki agar Belanda menyerahkan Irian Barat sebelum 31 Desember 1962.
Perundingan dipindahkan ke Washington pada 25 Juli. Tapi ini pun sama alotnya, mengharuskan AS melakukan intervensi.
Presiden Kennedy berkata kepada Menlu Subandrio, “Memulai perang adalah mudah, akan tetapi sulit sekali untuk mengendalikan arahnya, membatasi lingkupnya, atau pun menghentikannya.”
Tak kalah berupaya, Sekjen PBB U Thant pada 27 Juli menegaskan kepada Subandrio, apabila perundingan gagal dan perang sampai pecah, maka opini dunia akan menyalahkan Indonesia.
Tuntutan pengalihan kekuasaan sebelum akhir 1962 tidak masuk akal. Pengalihan baru bisa dilakukan paling cepat 1 Mei 1963.
Kesepakatan akhirnya terjadi. Persetujuan yang ditandatangani 15 Agustus di Markas Besar PBB di New York itu mengatur transisi peralihan kekuasaan.
Pada 1 Oktober bendera Belanda diturunkan dan diganti bendera PBB, esok harinya bendera Belanda dinaikkan lagi sebagai simbol kerja sama.