Untuk mengangkut pasukan sebanyak itu ke Mesir, dibutuhkan satu armada (fleet) penuh. Hampir 300 kapal angkut dikawal 13 kapal perang dan tujuh kapal pemandu (frigat).
Agar misi berhasil ekspedisi ke Mesir dipersiapkan dalam waktu singkat dan penuh rahasia.
Diusulkan pada awal 1798, disetujui pada 12 April dan semua pasukan tempur meninggalkan Toulon pada 20 Mei.
Hanya dalam waktu 10 minggu persiapan, demi kerahasiaan, dari pelabuhan Toulon ekspedisi menggunakan sejumlah pelabuhan kecil seperti Marseilles, Genoa, Civitavecchia dan Corsica.
Bahkan demi menjaga misi rahasia para persoinil pasukan tidak diberitahu tujuan ekspedisi hingga sudah berada di tengah laut.
Tapi pemerintahan Inggris mendengar juga bahwa ekspedisi laut Perancis yang besar berlayar dari pelabuhan French Mediterranean di bawah komando Napoleon.
Sebagai tanggapan, pemerintah Inggris memerintahkan kapal-kapal perangnya di pelabuhan Mesir dan sekitarnya untuk cepat-cepat berlayar memasuki laut Mediterania untuk melakukan penghadangan.
Salah satu panglima AL Inggris, Lord St.Vincent, yang memimpin pemblokiran di Cadiz, diperintahkan untuk segara masuk ke Mediterania.
Perintah ini kebetulan bersamaan dengan kedatangan Horatio Nelson, panglima perang kapal-kapal perang Inggris yang terkenal berani dan berbakat dalam pertempuran laut.
Saat itu, Nelson adalah admiral yang masih sangat junior. Ia dipromosikan setelah pertempuran laut di Cape St Vincent (Battle of Cape St.Vincent) pada 14 Februari 1779.