Namun dalam UU Kesehatan juga terdapat pengecualian yang diatur dalam pasal 75 ayat (2) UU Kesehatan
Larangan yang dimaksud pada ayat (1) dapat dikecualikan berdasarkan:
a. Indikasi kedaruratan medis yang dideteksi sejak usia dini kehamilan, baik yang mengancam nyawa ibu dan/atau janin, yang menderita penyakit genetik berat danatau cacat bawaan, maupun yang tidak dapat diperbaiki sehingga menyulitkan bayi tersebut hidup di luar kandungan; atau
b. Kehamilan akibat perkosaan yang dapat menyebabkan trauma psikologis bagi korban perkosaan.
UU Kesehatan sekaligus juga telah mengatur batas legal suatu tindakan aborsi yang dituangkan dalam Pasal 76 UU Kesehatan.
Aborsi yang dimaksud dalam Pasal 75 hanya dapat dilakukan dengan batasan:
a. Usia kehamilan belum berumur 6 (enam) minggu dihitung dari hari pertana haid terakhir, kecuali dalam hal kedaruratan medis.
b. Dilakukan oleh tenaga kesehatan yang memiliki keterampilan dan kewenangan yang memiliki sertifikat yang ditetapkan oleh menteri
c. Dengan persetujuan ibu hamil yang bersangkutan
d. Dengan izin suami, kecuali korban perkosaan
e. Dilakukan di penyedia layanan kesehatan yang memenuhi syarat yang ditetapkan oleh menteri.
Itulah dasar hukum aborsi di Indonesia.