Di antara tahun 1274 - 1281 ia berusaha menaklukkan kepulauan Jepang di sebelah timur.
Pada mulanya ia mengirimkan utusan yang menyampaikan pesan supaya Jepang mau tunduk mengirimkan upeti dan mengakui Khubilai Khan sebagai penguasa di Asia.
Jepang mengabaikan pesan Khubilai Khan, bahkan kaisar Jepang memenggal kepala utusan itu. Tentu saja peristiwa ini membangkitkan kemarahan Khubilai Khan.
Dengan segera ia memerintahkan penyerangan ke Jepang dengan mengerahkan seribu buah kapal perang.
Penyerangan itu mengakibatkan Jepang mengalami kerugian besar.
Namun, suatu keajaiban melindungi Jepang. Langit yang semula cerah tiba-tiba menjadi gelap, dan arus air yang kuat membelah lautan.
Angin topan menenggelamkan banyak kapal angkatan laut Khubilai Khan.
Orang Jepang menamakan arus dan gelombang air pasang kamikaze yang berarti "angin dewa", yang melindungi negaranya dari ancaman Khubilai Khan. Gagallah usaha Khubilai Khan menguasai Jepang.
Utusannya diusir Kertanegara
Peristiwa kegagalan di Jepang rupa-rupanya tidak membuat jera Khubilai Khan.
Ia mengirim utusan ke Singasari di Jawa Timur, meminta agar Kertanegara mau mengakui kekuasaannya.
Memang Kertanegara berani menentang kebesaran kaisar. Dengan tegas ia mengharuskan kapal-kapal Tiongkok bayar pajak di Pelabuhan Melayu yang letaknya di Jambi.