3. Pada 15 Januari 2007 ditransfer ke rekening M Amien Rais sebesar Rp100 juta
4. Pada 13 April 2007 ditransfer ke rekening M Amien Rais sebesar Rp100 juta
5. Pada 1 Mei 2007 ditransfer ke rekening M Amien Rais Rp100 juta dan rekening Nuki Syahrun sebesar Rp15 juta
6. Pada 21 Mei 2007 ditransfer ke rekening M Amien Rais Rp100 juta
7. Pada 13 Agustus 2007 ditransfer ke rekening M Amien Rais sebesar Rp100 juta
8. Pada 2 November 2007 ditransfer ke rekening Tia Nastiti sebesar Rp10 juta dan M Amien Rais sebesar Rp100 juta
Dalam perkara ini, Siti Fadilah dituntut 6 tahun penjara ditambah denda Rp500 juta subsider 6 bulan kurungan ditambah kewajiban membayar uang pengganti sebesar Rp1,9 miliar subsider 1 tahun kurungan.
Dalam dakwaan pertama Siti Fadilah Supari didakwa merugikan keuangan negara senilai Rp6,1 miliar dalam kegiatan pengadan alat kesehatan (alkes) guna mengantispasi kejadian luar biasa (KLB) 2005 pada Pusat Penaggulangan Masalah Kesehatan (PPMK) dengan melakukan penunjukan langsung (PL) kepada PT Indofarma Tbk.
Ia disebut meminta Mulya A Hasjmy selaku kuasa pengguna anggaran dan pejabat pembuat komitmen melakukan penunjukkan langsung kepada PT Indofarma sehingga memperkaya PT Indofarma Tbk sejumlah Rp1,597 miliar serta memperkaya PT Mitra Medidua sejumlah Rp4,55 miliar sehingga total merugikan keuangan negara sejumlah Rp6,148 miliar.
PT Indofarma Global Medika ditunjuk Siti sebagai rekanan untuk melaksanaan pengadaan stok penyangga (buffer stock) tersebut karena direktur perusahaan itu Ary Gunawan datang bersama dengan Ketua Sutrisno Bachir Foundation (SBF) Nuki Syahrun yang juga adik ipar Sutrisno Bachir, Ketua PAN saat itu.
Siti pun dinilai sebagai Menteri Kesehatan menyalahgunakan kewenangan atau kesempatan yang ada padanya sebagai menkes maupun pengguna anggaran dengan mengarahkan kegiatan pengadaan alkes dengan menerbitkan surat penunjukkan langsung.