Sebagai dokter tentara SS, Mengele mengalami luka-luka musim semi 1943 dalam pertempuran di Donez. Akibatnya ia dinyatakan tidak cocok lagi untuk bekerja di medan perang. Bulan Mei ia diangkat menjadi dokter Kamp Konsentrasi Auschwitz — Birkenau.
Selama itu gurunya, Verschuer, telah mengambil alih Kaisar Wilhelm Institut untuk Antropologi, Ilmu Keturunan Manusia dan Eugenik di Berlin. Mengele sebagai murid kesayangan mendirikan "cabang" di Auschwitz.
Ia mengirim bahan studi "segar" ke ibukota berupa organ manusia, mayat yang terpotong-potong. Verschuer membalas jasa dengan memberi tugas kepada Mengele untuk melakukan "penyelidikan antropologi pada kelompok ras tertentu" di kamp konsentrasi dan hasil penyelidikannya juga harus diserahkan.
Salah seorang korban yang masih hidup ialah Ofir. Umurnya dua belas tahun ketika ia jatuh dalam cengkeraman dokter kamp tersebut bersama saudara kembarnya, Tibi (Mengele konon paling suka mencari korban anak kembar).
Kata Ofir, "Ia mengunjungi kami sebagai paman yang baik hati di ruang poliklinik. Ia membawakan coklat. Sebelum kami dioperasi, ia berkata, "Jangan takut, tidak apa-apa." la lalu memotong buah zakar kami, kemudian kami diinjeksi dengan bahan kimia dan tulang punggung Tibi lalu dibedah.
Saudara saya mati dalam pelukan saya. Saya tidak mau melepaskannya. Rekan-rekan meraih mayat Tibi dari pelukan saya. Itulah kesaksian seorang tahanan Auschwitz, yang berhasil keluar hidup-hidup di depan "pengadilan Mengele" musim semi tahun ini di Jerusalem.
Baca juga: Ketika Perayaan Ulang Tahun Adolf Hitler yang ke-129 Diwarnai Aksi Bakar-bakaran oleh Massa Neo Nazi
Kamar kerja Mengele waktu itu "dihiasi" bola mata manusia (asli), yang ditusukkan ke dinding dengan jarum.
Menurut penuntut umum di Frankfurt, Josef Mengele bertanggung jawab untuk ratusan ribu jiwa tahanan kamp konsentrasi. Ia tidak menjaga jarak fisik dengan calon korbannya, tetapi bahkan sangat dekat.
Paling sedikit 74 kali, secara sukarela dan di luar jam dinas, ia berada di Stasiun Kereta Api Auschwitz untuk memilih calon korbannya. Dengan lambaian tangan ia memasukkan mereka ke dalam kamar gas atau ke stasiun percobaannya.
Mengele betul-betul malaikat maut. Anak kecil diiris-iris waktu mereka masih sadar, wanita disetrum sampai mati. Seorang tahanan yang keluar tanpa izin disedot darahnya sampai mati.