Pembantaian di Indonesia 1965–1966 adalah peristiwa pembantaian terhadap orang-orang yang dituduh sebagai pendukung komunisme di Indonesia setelah kegagalan usaha kudeta Gerakan 30 September 1965. Sebagian besar sejarawan sepakat bahwa setidaknya setengah juta orang dibantai.
2. Peristiwa Penembakan Misterius 1982-1985
Penembakan misterius yang terjadi pada tahun 1982-1985 merupakan operasi rahasia pemerintah Orde Baru yang menargetkan orang-orang yang dianggap preman atau mengganggu keamanan dan ketertiban masyarakat. Peristiwa ini terjadi di sejumlah kota besar di Indonesia, terutama Jakarta dan Jawa Tengah.
3. Peristiwa Talangsari, Lampung 1989
Peristiwa Talangsari merupakan sebuah kasus pelanggaran HAM berat yang terjadi pada 7 Februari 1989 di Dusun Talangsari III, Kabupaten Lampung Timur, dampak dari penerapan asas tunggal Pancasila di masa Orde Baru, yang termanifestasi dalam UU No. 3 Tahun 1985 tentang partai politik dan Golongan Karya.
Menurut tim pemantauan Komnas HAM, Peristiwa Talangsari telah menelan 130 korban tewas terbunuh, 77 orang dipindah secara paksa, 53 orang haknya dirampas, dan 46 lainnya disiksa.
4. Peristiwa Rumoh Geudong dan Pos Sattis, Aceh 1989
Tragedi Rumah Geudong merupakan peristiwa penyiksaan terhadap masyarakat Aceh yang dilakukan oleh aparat TNI selama masa konflik Aceh (1989-1998). Tragedi Rumah Geudong terjadi di sebuah rumah tradisional di Aceh yang dijadikan sebagai markas TNI di Desa Bili, Kabupaten Pidie.
Dalam Rumah Geudong, para TNI melakukan pengawasan terhadap masyarakat dan memburu pasukan Gerakan Aceh Merdeka (GAM). Saat sedang menjalankan operasinya, tidak sedikit anggota TNI yang melakukan berbagai tindak kekerasan terhadap para warga. Akhirnya, pada 20 Agustus 1998, massa membakar Rumah Geudong.
5. Peristiwa Penghilangan Orang Secara Paksa 1997-1998
Peristiwa Penghilangan Orang Secara Paksa 1997-1998 adalah penculikan terhadap aktivis pro-demokrasi yang terjadi menjelang Pemilu 1997 dan Sidang Umum MPR 1998. Penculikan ini dilakukan oleh Tim Mawar, tim yang dibentuk oleh Komando Pasukan Khusus (Kopassus) pada masa Orde Baru.
6. Peristiwa Kerusuhan Mei 1998