Setelah berdagang di Tuban, van Neck dan rombongan melanjutkan perjalanan ke timur. Mereka singgah di Tuban dan tiba di Maluku pada 1599. Jacob van Neck menjadi penjelajah pertama Belanda yang sampai di 'Kepulauan Rempah-rempah' Maluku.
Sesampai di Maluku, Belanda disambut ramah. Bahkan Kesultanan Ternate bekerja sama dengan Belanda pada 1605 untuk berperang mengusir Portugis yang lebih dulu memonopoli perdagangan di sana.
Perlawanan rakyat terhadap Belanda
Keuntungan berlipat dari perdagangan di Nusantara membuat para pengusaha Belanda berlomba-lomba ke sana. Belanda sampai membuat kongsi dagang Vereenigde Oost-Indische Compagnie (VOC).
Tapi kehadiran VOC di Indonesia belakangan menyengsarakan rakyat. Berbagai perlawanan dilakukan rakyat Indonesia. Berikut perlawanan rakyat Indonesia terhadap bangsa Belanda:
- Perlawanan Kesultanan Aceh di bawah Sultan Iskandar Muda (1607-1639)
- Perlawanan Kesultanan Ternate dan Tidore Perlawanan Kesultanan Banten di bawah Sultan Agung (1628)
- Perlawanan Kesultanan Banten di bawah Sultan Ageng Tirtayasa
- Perlawanan Kesultanan Gowa dipimpin Sultan Hasanuddin (1667)
- Perlawanan Kerajaan Siak Sri Indrapura di Riau (1751)
- Perlawanan orang China di Batavia (1740)
- Perlawanan rakyat Jawa di bawah Pangeran Mangkubumi dan Mas Said