Ekspedisi pertama Pati Unus untuk menyerang Portugis terjadi pada tahun 1512. Namun, serangan besar-besaran tersebut gagal mengusir Portugis dari Malaka. Sementara itu, keberanian Pati Unus dalam memimpin penyerangan ke Malaka yang dikuasai Portugis menyebabkan dirinya mendapat julukan Pangeran Sabrang Lor.
Takhta Kesultanan Demak kemudian diteruskan oleh tokoh yang bergelar Sultan Trenggana yang merupakan putra lain dari Raden Patah. Dalam rangka memperluas ekspansinya ke daerah barat, Sultan Trenggono mengirim Fatahillah yang didampingi Maulana Hasanuddin putra Sunan Gunung Jati untuk menggagalkan rencana kerja sama antara Portugis dan Pajajaran.
Pada 1527, Fatahillah-Maulana Hasanuddin menyerang kedudukan Portugis di Sunda Kelapa. Serangan tersebut berhasil mengusir Portugis dari Sunda Kelapa. Selanjutnya pada 22 Juni 1527 nama Sunda Kelapa diganti menjadi Jayakarta atau Jakarta yang berarti kemenangan yang sempurna. Fatahillah diangkat oleh Sultan Trenggana sebagai wakil Sultan Demak yang memerintah di Jayakarta, pasangan Maulana Hasanuddin memerintah di Banten.
Perlawanan Kesultanan Aceh
Portugis menganggap perkembangan Aceh sebagai ancaman. Oleh karena itu, Portugis berupaya menghancurkannya. Pada 1523, Portugis melakukan serangan ke Aceh yang dipimpin oleh Henrigues dan di tahun 1524 dipimpin oleh de Sauza.
Namun, semua serangan berhasil dipatahkan. Portugis tidak menyerah dan terus berusaha mencari cara untuk melemahkan kedudukan Aceh. Sehingga, kapal-kapal Portugis terus mengganggu kapal-kapal dagang Aceh.
Tindakan semena-mena Portugis menimbulkan perlawanan pihak Aceh. Sebagai persiapan untuk menyerang Portugis, Sultan Alaudin Riayat Syah (1537-1568) mulai mempersenjatai kapal-kapal dagangnya dengan meriam dan prajurit terlatih, membeli persenjataan dari Calicut (India) dan Jepara, menyewa tentara bayaran, dan mendatangkan ahli-ahli perang dari Turki pada tahun 1567.
Setelah semua persiapan selesai, Aceh melakukan serangan terhadap Portugis di Malaka, yang bersekutu dengan Johor. Namun Portugis berhasil selamat dan melakukan serangan balik pada 1569. Serangan balik tersebut dapat dipatahkan pasukan Aceh. Sultan Iskandar Muda (1607-1636) tercatat sebagai penguasa terbesar Kesultanan Aceh.
Di bawah kepemimpinannya, Aceh melakukan serangan terhadap kedudukan Portugis sebanyak dua kali. Serangan pertama terjadi pada tahun 1615, sedangkan serangan kedua terjadi tahun 1629. Pada serangan kedua, armada laut Aceh mengalami kekalahan besar di Pelabuhan Malaka.
Perlawanan Rakyat Ternate
Akibat monopoli perdagangan rempah-rempah oleh Portugis, rakyat Ternate hidup sengsara. Akibatnya, rakyat Ternate dipimpin oleh Dajalo pada tahun 1533 melakukan perlawanan terhadap Portugis.
Pada awalnya, rakyat Ternate meraih kemajuan besar, namun kemudian berbalik terdesak setelah Portugis mendapat bantuan pasukan dari Malaka. Kemudian penyerangan kembali terjadi karena Portugis sering melakukan pemerasan. Kali ini perlawanan dipimpin oleh Sultan Khairun atau Hairun.