Akan tetapi, ketika Kebun Raya Bogor didirikan, pada kenyatannya menjadi momentum bagi ilmuwan bidang botani di Indonesia untuk membuat suatu wadah penelitian. Beberapa lembaga penelitian yang lahir seiring dengan berdirinya Kebun Raya Bogor diantaranya Bibliotheca Bogoriensis (1842), Herbarium Bogoriense (1844), Kebun Raya Cibodas (1860), Laboratorium Treub (1884), Museum dan Laboratorium Zoologi.
Tercatat ada 24 lembaga penelitian yang dihasilkan dari Kebun Raya Bogor termasuk di tahun 1967 Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) berdiri. Tepatnya pada tanggal 18 Mei 1817, Profesor Caspar Georg Karl Reinwardt seorang ahli botani asal Jerman mendirikan kebun botani di sebelah rumah peristirahatan gubernur jenderal untuk tujuan penelitian. Tanggal ini menjadi awal tapak sejarah Kebun Raya Bogor.
Pada usia yang masih muda Reinwardt sudah menjadi profesor sejarah alam di Universitas Harderwijk Belanda. Bahkan pada usia 30 tahun, ia sudah menjadi rektor disana. Pada 1816, pemerintah Belanda memintanya untuk menjadi Direktur Pertanian, Seni, dan Pendidikan di Pulau Jawa dan ia langsung memulai penelitiannya dalam bidang botani.
Dia kembali ke Belanda untuk mengajar ilmu tumbuh-tumbuhan di Universitas Leiden. Monumen tugu peringatan Reinwardt diresmikan oleh Duta Besar Jerman bersama ketua LIPI Profesor Umar Anggara Jenie pada 17 Mei 2006.
Di mata para ilmuan Eropa, kebun botani ini memiliki daya tarik yang besar dalam bidang penelitian botani. Tercatat dalam sejarah Kebun Raya Bogor, sederet ahli botani Belanda telah menghantarkan kemajuan Kebun Raya Bogor yang berkembang pesat.
Sejak didirikannya, Kebun Raya Bogor sudah menjadi pusat penelitian utama bidang pertanian dan hortikultura. Melchior Treub ahli botani berkebangsaan Belanda lulusan doktor Universitas Leiden mengembangkan Kebun Raya Bogor menjadi sebuah Lembaga penelitian profesional.
Treub menerima penghargaan Linnean Medal sebuah penghargaan bagi ahli botani pada tahun 1907. Laboratorium Treub yang ia dirikan merupakan laboratorium penelitian di bidang genetika konservasi tumbuhan Indonesia, mencegah kepunahan tumbuhan Kebun Raya Bogor.
Letak laboratorium ini di bagian barat daya Kebun Raya Bogor berdekatan dengan Museum Zoologi. Bangunan laboratorium itu menjadi penanda sejarah Kebun Raya Bogor. Kendati berusia lebih dari seabad, bangunan itu masih terawat dan masih digunakan sesuai fungsinya.
Lalu apa peran Kebun Raya Bogor yang dahulu bernama 's Lands Plantentuin te Buitenzorg atau Buitenzorg Botanic Gardens sebagai kebun raya tertua sejak abad ke-19 ini. Ternyata, banyak jenis herbarium spesies tanaman tropis yang berasal dari Kebun Raya Bogor disimpan di Universitas Leiden.
Penemuan hormon auksin di Laboratorium Treub memainkan peran penting dalam pertukaran ide, pengetahuan dan keahlian dalam ilmu pertanian botani tropis. Penemuan auxin dan mycorrhiza pada awal tahun 1900 merupakan periode emas penelitian Laboratorium Treub.
Kekayaan koleksi Kebun Raya Bogor menjadi referensi bagi banyak kebun raya daerah tropis di seluruh dunia untuk pengelolaan koleksi tanaman tropis yang autentik. Tidak hanya di Asia Tenggara, ternyata Kebun Raya Bogor juga memberi kontribusi yang signifikan di Asia dalam hal aklimatisasi penanaman pohon kelapa sawit sebelum dikembangkan dan didistribusikan ke banyak industri dan perkebunan.
Kebun Raya Bogor memiliki integritas dan dinilai autentik oleh UNESCO. Pasalnya, Kebun Raya Bogor memiliki integritas yang mampu mengungkap nilai universal luar biasa dari arsitektur bangunan yang memiliki nilai sejarah, keaslian tata tanam berdasarkan kelompok taksonomi, pohon pusaka dan bentang alam pusaka. Sederet fakta itu menjadi bukti sejarah bahwa Kebun Raya Bogor adalah pusat penelitian biologi tropis.
Integritas properti Kebun Raya Bogor ini diperkuat dengan kebijakan pemerintah kota Bogor yang menetapkan kawasan sekitar kota Bogor sebagai penyangga Kebun Raya Bogor. Catatan sejarah Kebun Raya Bogor menunjukkan bahwa sejak tahun 1817 sudah menjadi tempat penelitian ilmiah. Monumen yang memiliki nilai sejarah terdaftar sebagai 12 bangunan yang dianggap mampu mempertahankan keasliannya dalam hal desain dan fungsi aslinya.
Itulah sejarah Kebun Raya Bogor yang tak bisa dilepaskan dari sosok Thomas Raffles, gubernur jenderal Hindia Belanda pada masa pendudukan Inggris.