- Megawati Soekarnoputri dan Hasyim Muzadi: 31.569.104 suara atau 26,61 persen;
- Amien Rais dan Siswono Yudo Husodo: 17.392.931 suara atau 14,66 persen;
- Susilo Bambang Yudhoyono dan Jusuf Kalla: 39.838.184 suara atau 33,57 persen;
- Hamzah Haz dan Agum Gumelar: 3.569.861 suara atau 3,01 persen.
Dari perolehan angka tersebut, tidak ada satu pun pasangan calon yang mendapat perolehan suara lebih dari 50 persen.
Oleh karenanya, harus digelar pilpres putaran kedua yang mempertemukan dua paslon dengan perolehan suara terbanyak yakni Megawati-Hasyim Muzadi dan SBY-Jusuf Kalla.
Pasangan Megawati-Hasyim Muzadi kala itu didukung oleh 7 partai yakni PDI Perjuangan, Golkar, Partai Persatuan Pembangunan (PPP), Partai Bintang Reformasi (PBR), Partai Damai Sejahtera (PDS), Partai Karya Peduli Bangsa (PKPB), dan Partai Nasional Indonesia Marhaenisme (PNIM).
Sementara, SBY-Jusuf Kalla didukung enam partai meliputi Demokrat, Partai Kebangkitan Bangsa (PKB), Partai Keadilan Sejahtera (PKS), Partai Amanat Nasional (PAN), Partai Bulan Bintang (PBB), dan Partai Keadilan dan Persatuan Indonesia (PKPI).
Pilpres putaran kedua digelar pada 20 September 2004.
Saat itu, jumlah pemilih yang terdaftar sebanyak 150.644.184 orang.
Dari angka tersebut, yang menggunakan hak pilihnya sebesar 77,44 persen atau 116.662.705 orang.
Lalu, dari total jumlah suara, yang dinyatakan sah sebesar 97,94 persen atau 114.257.054 suara.