Izin tersebut dikeluarkan pada 6 Oktober 1966, kepada perusahaan asing PN Pertambangan Minyak Nasional dan Japex.
Namun pada 1967, sengketa atas kepemilikan Pulau Sipadan dan Ligitan mulai terjadi setelah dilangsungkan pertemuan mengenai hukum laut antara Indonesia dan Malaysia.
Dalam pertemuan tersebut, Indonesia dan Malaysia saling memperebutkan kepemilikan wilayah atas Pulau Sipadan dan Ligitan.
Jika dilihat dari catatan sejarah, Indonesia mempunyai bukti-bukti dokumen terkait kepemilikan dua pulau ini.
Akhirnya, Indonesia-Malaysia sepakat untuk memberi status quo kepada kedua pulau ini.
Artinya dua pulau ini tidak boleh ditempati atau diduduki hingga kasus sengketa selesai.
Tapi Malaysia memahami bahwa status quo tetap berada di bawah kepemilikannya.
Karena itulah Malaysia mulai membangun resor pariwisata di salah satu pulau tersebut.
Kemudian, pada 1969, Malaysia memasukkan Pulau Sipadan dan Ligitan ke dalam peta nasionalnya secara sepihak.
Malaysia juga memasang tanda, sekaligus merawat Pulau Sipadan dan Ligitan.
Pada 1991, Indonesia dan Malaysia membentuk Kelompok Kerja Bersama untuk mempelajari situasi dan kondisi kedua pulau tersebut.
Meski begitu, jalan itu tetap saja buntu.