Ki Ageng Pemanahan membangun tanah tersebut menjadi sebuah kadipaten di bawah Kerajaan Pajang.
Di saat yang sama, Danang Sutawijaya juga diadopsi oleh ultan Hadiwijaya, sebagai pancingan karena belum mempunyai keturunan.
Pada 1575, Danang Sutawijaya menggantikan posisi ayahnya yang wafat sebagai Adipati Mataram dengan gelar Senopati Ing Ngalaga, yang artinya panglima di medan perang.
Setelah itu, Danang Sutawijaya berusaha melepaskan diri dari Kerajaan Pajang, yang berakibat pada timbulnya peperangan dengan Sultan Hadiwijaya.
Tidak lama kemudian, Sultan Hadiwijaya sakit dan akhirnya wafat.
Upaya Danang Sutawijaya untuk memerdekakan Mataram pun semakin mudah, terlebih lagi Kerajaan Pajang mengalami pergolakan karena perebutan kekuasaan.
Pada 1586, Danang Sutawijaya mendirikan Kerajaan Mataram Islam dan mengangkat dirinya sebagai raja dengan gelar Panembahan Senapati Ing Alaga Sayidin Panatagama.
Kerajaan Mataram Islam sempat berjaya di masa pemerintahan Sultan Agung (1613-1645), sebelum akhirnya terpecah dua pada pertengahan abad ke-18.
Kejayaan kerajaan Mataram Islam
Kerajaan Mataram Islam mencapai puncak kebesaran pada masa pemerintahan Sultan Agung.
Sultan Agung yang memiliki nama asli Raden Mas Jatmika memerintah pada tahun 1613-1645 M.
Pada masa pemerintahan Sultan Agung, wilayah kekuasaan Kerajaan Mataram Islam meliputi Jawa Tengah, Jawa Timur, dan sebagian Jawa Barat.