Namun, Belanda menafsirkan Perundingan Linggarjati secara berbeda dengan Indonesia.
Belanda menganggap bahwa Republik Indonesia hanya berlaku di Jawa, Madura, dan Sumatera, sedangkan daerah-daerah lain masih di bawah kekuasaan Belanda.
Belanda juga berencana untuk membentuk negara-negara boneka di Indonesia, seperti Negara Indonesia Timur, Negara Sumatera Timur, dan Negara Pasundan.
Pada 27 Mei 1947, Belanda mengirimkan sebuah ultimatum kepada Indonesia yang harus segera dijawab dalam rentang waktu 14 hari.
Ultimatum itu membahas mengenai pembentukan pemerintahan peralihan bersama, mengadakan garis demiliterisasi dan menghentikan pengacauan di daerah-daerah, Konferensi Malino, mengadakan pembicaraan pertahanan negara, pembentukan kepolisian, dan pengawasan hasil-hasil perkebunan dan devisa.
Indonesia menolak ultimatum Belanda dan menganggapnya sebagai ancaman terhadap kedaulatan dan kemerdekaan bangsa Indonesia.
Kemudian Indonesia juga menuntut agar Belanda menghormati Perundingan Linggarjati secara utuh dan tidak mencampuri urusan dalam negeri Indonesia.
Indonesia juga menegaskan bahwa tidak ada negara lain di Indonesia selain Republik Indonesia.
Karena tidak ada kesepakatan yang tercapai, Belanda melancarkan Agresi Militer Belanda I pada tanggal 21 Juli 1947.
Belanda menyerang pos-pos pertahanan Indonesia di Jawa dan Sumatera dengan menggunakan pasukan darat, laut, dan udara.
Belanda berhasil menduduki sebagian besar wilayah Jawa dan Sumatera, termasuk kota-kota penting seperti Bandung, Semarang, Surabaya, Medan, dan Palembang.