Ia juga menyerang dan menghancurkan Kerajaan Gelgel, sehingga mengakhiri riwayat kerajaan ini.
Kerajaan Klungkung mengalami kemunduran sejak abad ke-19, akibat persaingan dengan kerajaan-kerajaan lain di Bali, terutama Kerajaan Karangasem yang bersekutu dengan Belanda.
Kerajaan Klungkung juga harus menghadapi intervensi Belanda yang ingin menguasai seluruh Bali.
Pada 1849, Belanda menyerang Klungkung, tetapi berhasil ditahan oleh pasukan Dewa Agung Istri Kanya.
Pada 1894, Belanda kembali menyerang Klungkung, tetapi kembali gagal.
Pada 1906, Belanda berhasil menguasai Badung dan Tabanan, dan menuntut agar Klungkung tunduk kepada mereka.
Dewa Agung Jambe II menolak, dan memilih untuk berperang melawan Belanda.
Pada 18 April 1908, terjadi perang Puputan Klungkung, yaitu perang bunuh diri massal yang dilakukan oleh raja, keluarga kerajaan, dan rakyat Klungkung.
Mereka memilih mati dengan terhormat daripada hidup dalam penjajahan.
Peristiwa ini menandai runtuhnya Kerajaan Klungkung, dan juga akhir dari perlawanan Bali terhadap Belanda.
Itulah sejarah kerajaan Gelgel akhir dari kerajaan tersebut.