1. Sengketa Kekuasaan
Sengketa kekuasaan terjadi karena Raden Patah diketahui mempunyai banyak anak laki-laki, tapi berasal dari ibu yang berbeda-beda.
Hal ini bertambah rumit setelah Adipati Unus meninggal tanpa memiliki keturunan anak laki-laki.
2. Perang Saudara
Perang saudara terjadi karena perebutan tahta antara dua putra Raden Patah yaitu Pangeran Surowiyoto (Sekar Seda Lepen) dengan Sultan Trenggana.
Hal ini terjadi karena Seda Lepen yang merupakan putra tertua dari sang raja, tapi terlahir dari istri ketiga.
Sementara Sultan Trenggana yang lebih muda, lahir dari istri yang pertama.
Sunan Prawoto yang merupakan putra Sultan Trenggana disebut membunuh Seda Lepen karena kedudukannya tidak berjalan lancar dan ditentang keras.
Sementara Arya Penangsang yaitu putra dari Sekar Seda Lepen membalaskan dendam ayahnya dengan membunuh Sunan Prawoto sekeluarga dan merebut posisi raja Demak yang kelima.
3. Kegagalan Pemerintahan
Kegagalan pemerintahan Kerajaan Demak juga menjadi salah satu faktor runtuhnya kerajaan tersebut.
Perbedaan mazhab antara masyarakat dan bangsawan, sikap pemerintah yang terlalu fokus dengan perang menghadapi Portugis, serta kurangnya kemauan untuk mendengarkan aspirasi dari rakyat, membuat Kerajaan Demak tidak dapat bertahan.