Sebagai Sultan Yogyakarta, ia menghadapi tantangan besar ketika Perang Dunia II meletus.
Ia harus berhadapan dengan penjajahan Belanda dan kemudian Jepang.
Kemudian mencoba untuk menjaga kepentingan rakyatnya dengan melakukan diplomasi dan kerjasama dengan kedua penjajah tersebut.
Namun, ia juga menyelundupkan senjata dan bahan peledak untuk para pejuang kemerdekaan Indonesia.
Ketika Indonesia memproklamasikan kemerdekaannya pada 17 Agustus 1945, Sultan Hamengkubuwono IX menjadi salah satu penguasa daerah pertama yang mendukungnya.
Ia mengeluarkan maklumat pada 5 September 1945 yang menyatakan bahwa Keraton Yogyakarta bergabung dengan Republik Indonesia.
Ia juga membentuk Komite Nasional Indonesia Daerah (KNID) di Yogyakarta untuk mengkoordinasikan perjuangan melawan penjajah.
Sultan Hamengkubuwono IX juga berperan penting dalam masa Revolusi Nasional Indonesia. Ia menjadi anggota Badan Penyelidik Usaha-usaha Persiapan Kemerdekaan Indonesia (BPUPKI) dan Panitia Persiapan Kemerdekaan Indonesia (PPKI).
Ia juga menjadi anggota Komite Nasional Indonesia Pusat (KNIP) dan Dewan Pertimbangan Agung (DPA).
Kemudian pernah menjabat sebagai Wakil Perdana Menteri dalam Kabinet Natsir pada tahun 1950-1951.
Saat Agresi Militer Belanda II terjadi pada tahun 1948-1949, Yogyakarta menjadi ibu kota negara sementara setelah Jakarta diduduki oleh Belanda.
Baca Juga: Sosok Mohammad Hatta, Wakil Presiden Pertama yang Berusia 43 Tahun dan Menjabat Selama 11 Tahun