Kerajaan Makassar juga harus menyerahkan sebagian besar wilayahnya kepada VOC dan sekutunya, serta mengizinkan VOC untuk mendirikan benteng-benteng di wilayahnya.
Selain itu, Kerajaan Makassar harus menutup pintu perdagangannya bagi bangsa asing lainnya, kecuali Belanda.
Kerajaan Makassar juga harus mengakui monopoli perdagangan VOC di Maluku dan tidak boleh mengganggu kepentingan VOC di sana.
Perjanjian Bongaya merupakan awal dari runtuhnya kejayaan Kerajaan Makassar sebagai bandar perdagangan di Nusantara Timur.
Perjanjian ini juga memperkuat dominasi VOC di wilayah ini, yang berlangsung hingga abad ke-18.
Perlawanan Kerajaan Makassar terhadap VOC menjadi salah satu peristiwa sejarah yang penting dan menginspirasi, karena menunjukkan semangat juang dan patriotisme rakyat Makassar dalam mempertahankan tanah airnya dari penjajah asing.