Dalam wawancara tersebut, Bung Tomo menyatakan ketidakpuasannya terhadap pemerintahan Orde Baru.
Kritik-kritik Bung Tomo tentu saja tidak disukai oleh Soeharto dan kroni-kroninya.
Pada 11 April 1978, Bung Tomo ditangkap dengan tuduhan melakukan tindakan subversif. Ia dikerangkeng tanpa proses pengadilan di Penjara Nirbaya, Pondok Gede. Selama di penjara, ia ditemani oleh Ismail Sunny, seorang pakar hukum tata negara yang juga dikenal kritis terhadap Orde Baru.
Istri Bung Tomo, Sulistina, tidak tinggal diam melihat suaminya diperlakukan secara tidak adil. Ia mengirim surat protes kepada Soeharto pada 6 Juli 1978.
Dalam surat tersebut, Sulistina menulis bahwa orang yang sudah mempertaruhkan jiwa raganya untuk mempertahankan kemerdekaan negara tidak mungkin mengkhianati bangsanya sendiri.
Sulistina juga meminta agar suaminya dibebaskan atau diberi kesempatan untuk membela diri di pengadilan.
Setelah mendekam selama satu tahun di penjara, Bung Tomo akhirnya dibebaskan oleh Soeharto pada tahun 1979. Namun, ia tampaknya tidak lagi berminat untuk bersikap vokal terhadap pemerintahan Orde Baru. Ia lebih memilih untuk fokus pada bisnis percetakannya dan kegiatan sosialnya.
Bung Tomo meninggal dunia pada 7 Oktober 1981. Ia dimakamkan di Pemakaman Umum Ngagel Surabaya. Bung Tomo baru dianugerahi gelar pahlawan pada tahun 2008.
Baca Juga: Cerita-cerita Tak Terdengar dari Pertempuran 10 November 1945, Termasuk Ketika Bung Tomo Disekap