Soepardjo juga disebut sebagai sosok yang melaporkan penangkapan jenderal-jenderal kepada Soekarno.
Kita tahu, G30S gagal total, dan itu diakui sendiri oleh Soepardjo.
Dia bahkan menulis memoar soal alasan-alasan yang menyebabkan gagalnya gerakan tersebut dari sudut pandang militer.
Setelah bertahun-tahun jadi buron, berpindah dari tempat persembunyian satu ke tempat persembunyian yang lain, Soepardjo akhirnya tertangkap tepat di Hari Lebaran, 12 Januari 1967.
Ketika itu, Panglima Kodam V/Jaya Brigjen Amirmachmud menggelar Operasi Kalong, khusus untuk meringkus Soepardjo.
Operasi ini dipimpin oleh Kapten Cpm Suroso.
Personelnya terdiri atas anggota dari Kompi Raiders Kodam V Jaya yang dipersiapkan sebagai pasukan tempur.
Selain itu, kelompok pengintai di bawah pimpinan Pembantu Letnan M. Afandi bertugas mencari informasi persembunyian Soepardjo.
Operasi ini akhirnya mengendus persembunyikan Soepardjo di sebuah rumah di Kompleks KKO Cilincing, Jakarta Utara.
Pada 10 Januari 1967 tim Operasi Kalong segera menyerbu rumah di Cilincing itu, tapi Soepardjo sekali lagi berhasil lolos.
Dia menuju tempat persembunyian yang lain yang lokasinya tak jauh dari Lubang Buaya, di dekat Pangkalan Udara Halim Perdanakusuma.
Pagi hari menjelang subuh 12 Januari 1967, Tim Operasi Kalong bergerak ke arah Pangkalan Udara Halim Perdanakusuma.
Pasukan memasuki komplek perumahan AURI pukul 05.00 WIB.
Dalam penggeledahan, Soepardjo berhasil ditangkap di loteng rumah Kopral Udara Sutardjo.
Soepardjo terpaksa turun dari loteng setelah seorang pasukan penangkap mengancam akan menembaknya.
Setelah sekitar tiga bulan dipenjara, Soepardjo akhirnya dieksekusi mati pada 18 Maret tahun itu juga.
Sebelum ditembak mati, Soepardjo sempat menyanyikan lagu Indonesia Raja dan mengumandangkan azan di selnya.